我們知道，循環水養殖環境中，由于養殖密度過大并持續投料，水中的有機物會快速積累。有機物在細菌的作用下逐級分解。氨、亞硝酸鹽、硝酸鹽等可溶性物質濃度快速上升。其中，氨及亞硝酸鹽會抑制水生動物的呼吸，造成鰓部發紅、游塘、偷死等癥狀。不及時得到解決，往往會造成魚蝦的大量死亡。因此，不管是外塘還是室內循環水養殖，無機氮元素的去除都是一個重要的環節。
    工廠化循環水養殖中，如果水源充足，可以加大換水量來稀釋氨氮及亞硝酸鹽的濃度。但既然是室內循環水養殖，就存在著反季節生產或水源緊缺等客觀限制。如果換水量過大，則對水體加熱或制冷的成本會升高。同時，大量換水會導致魚蝦的應激反應，進而造成魚蝦生病。為了防止以上情況發生，我們應著重通過生物過濾的辦法來去除氨氮和亞硝酸鹽。我們在一些文章中已經探討過水體中的氮循環。有機氮主要是以蛋白質、肽、氨基酸等形式存在。這些物質都是魚蝦生長所必需的能量物質。在經魚蝦的消化吸收后，變為氨和亞硝酸鹽。另外，水體中會有多投的餌料、死亡的藻類、菌類等等。這些有機物需要在微生物的作用下進行轉化分解。擔當這一使命的，往往就是乳酸菌、芽孢桿菌、枯草桿菌等分解細菌。此時，水質會發生微妙的變化。因為水中有機酸增多，水體的PH值下降。    
    進一步地，當水體中的氨等物質越來越多的時候，由于氨水解后呈現堿性，所以水體的PH值會逐步上升。當氨濃度上升以后，水中的亞硝化細菌與硝化細菌將參與進來。會將氨與亞硝酸鹽分解成對魚蝦***的硝酸鹽。硝酸鹽易被藻類或植物吸收。這樣如果養殖池中有合適的藻種，則在其它環境變量的支持下，水中的藻類開始大量繁殖。開始新一輪的循環。